小智和小霞带着学生们来到了波尼岛为期一周的自由研究的课程，波尼岛的乔伊小姐在码头迎接小智一行人。
乔伊小姐道：“阿罗拉，欢迎来到波尼岛。”
“阿罗拉！”
小智道：“从今天开始，就麻烦乔伊小姐对学生们多多照顾了！”
乔伊小姐道：“尽管交给我吧！”
小霞道：“这次的自由研究大家都已经确定好课题了吧！”
马玛内道：“我先来说说吧！我的课题是想让虫电宝在波尼岛上完成进化，我听说在波尼岛上更容易成功呢！”
乔伊小姐道：“确实，你可以去波尼岛的大峡谷看看。”
马玛内道：“这是一个重要的情报！虫电宝我们一起加油吧！”
卡奇道：“我要在波尼岛的大自然中打磨自己静心修炼，超越现在的自己。”
玛奥道：“我呢是要找到波尼白萝卜然后给艾纳餐馆的菜单上加入新菜品。”
洛托姆图鉴疑惑道：“波尼白萝卜？我还是第一次听说洛托！”
乔伊小姐帮忙解释道：“是这个岛上特有的白萝卜，长度惊人，所以很难拔，要小心不能折断。”
水莲道：“我呢是要去见伊雅小姐，我们在信中已经说好了！”
最后轮到了莉莉艾说自己的课题了，但是莉莉艾却看着波尼岛的港口愣神，小智提醒道：“莉莉艾。”
莉莉艾回过了神道：“抱歉啊！我是在想我们都是第一次认真来到波尼岛，虽然之前来过了好几次，但都是直接去的日轮祭坛。”
卡奇道：“我们都还是第一次认真参观波尼岛呢！”
莉莉艾道：“是啊！所以我的研究课题是想要观察岛上的宝可梦们，给它们做观察记录。”
小智笑道：“那么接下来的一周时间，大家就为了完成自己的研究课题而奋斗吧！”
库库伊博士最近为了联盟大会的建造场地忙得不可开交，这次的自由研究之行，小智还受到了库库伊博士的委托，找新的继任者接任波尼岛的岛屿之王。
波尼岛的前任岛屿之王索夫乌因为身体和年纪双方面的原因已经从岛屿之王的位置上隐退，一年前索夫乌先生就已经去世了。
小智从乔伊小姐那里得知了，索夫乌有个孙女名叫哈普乌，擅长使用地面系宝可梦，是最适合接任岛屿之王的人。
小智将学生们交给小霞之后，就沿着山路来到了一片种着波尼白萝卜的田地旁，看到了一只泥偶巨人正在拔萝卜。
小智的靠近被一个女孩的声音叫住，道：“请问你有什么事吗？”
女孩从泥偶巨人的肩膀上跳了下来，这个女孩个子不高，头上戴着一顶紫色的帽子很像是精致的洋娃娃。
小智道：“你就是索夫乌先生的孙女哈普乌吧！我是真新镇的小智，现在是宝可梦学校的老师，受美乐美乐岛的岛屿之王哈拉先生和库库伊博士的所托，想要请你继任波尼岛的岛屿女王。”
哈普乌摇头道：“不行的，卡噗鳍鳍不认可我的实力，就算我想要也没有办法。”
小智道：“或许我知道你为什么得不到卡噗鳍鳍的认可。对于你的事情我听乔伊小姐说过一些。”
哈普乌焦急道：“小智先生请你告诉我！”
小智道：“需要你自己去体会。我的学生们正在宝可梦中心里，或许你跟他们相处几天就能清楚了。”
哈普乌道：“小智先生，你和爷爷说了一样的话。我知道了！”
哈普乌跟着小智来到了宝可梦中心里，和大家相互介绍了一下后，莉莉艾她们几个小女生就打成了一片，但哈普乌却透露出有些小心翼翼地谨慎和不知所措。